Cooper est né en République Tchèque, il y a vécu presque toute sa vie.
Un jour il entendit parler grâce à son collègue et ami français James Parker d'un programme secret nommé projet "Porte des étoiles"
Il décida d'y prendre part et fut affecté à l'avant-poste Ancien en Antarctique.
Il y étudia les drônes et l'E2PZ.
Quelques temps plus tard, il décida de prendre part à l'expédition Atlantis.
Après le combat contre les Oris sur Dakara il décida de rejoindre le SGC.
Plus tard, la terre fût menacée par les Oris et il devait quitter le SGC et aller dans l'Odyssée.
Il partit ensuite chez les Jaffas pour signer quelques traités et il apprit que les membres de l'Odyssée étaient allés sur Atlantis, alors il décida de les rejoindre.
Il avait reprit ses fonctions sur Atlantis et travaillait sur de nombreux projet dont le sauvetage de la cité et de ses habitants lorsque Lantia allait exploser, mais sur la nouvelle planète, la cité fut attaquée par des êtres ressemblant à des vampires, les Montoriens, il fut capturé et transformé lui aussi en vampire et tua le chef vampire pour prendre sa place, mais grâce à l'antidote, il était devenu plus fort, et pouvait guérir les autres en les mordant, mais il restait quand même vampire.
Lorsque les Montoriens allaient le tuer, il s'échappa d'Atlantis pour aller sur une autre planète. Les montoriens devinrent ennemis d'Atlantis et se lancèrent à la poursuite de Cooper comme les membres de la cité.
Peu de temps après, il revint sur la cité sous forme humaine, mais tomba dans le coma.
Une personne qu'il avait rencontré l'avait aidé à créer un antidote, mais l'effet secondaire était un profond coma le temps de la transformation en humain.
Lorsqu'il sortit du coma, il dû reprendre du service et fût transformé en lutin lors d'une hallucination collective créée pas les Montoriens.
Lors de la fin de l'hallucination collective, il combattit des créatures possédant des capacités psychiques impressionnantes, mais il parvint à les limiter en créant un appareil proche de l'arme anti-prêcheur du SGC dont il se resservit lors de l'attaque des Oris sur Atlantis.
Ensuite il demanda sa mutation sur la station mi-chemin.
Mais lors d'une attaque du peuple Borg il devint chef des Borgs et attaqua Atlantis.
Paul Parfait créa un explosion blessant gravement John qui dût retourner dans son vaisseau.
Quelques temps après, il fût capturé et retransformé en humain, mais ses souvenirs le hantaient, il retourna sur Terre et démissionna du service actif.
A l'approche de ses 50 ans, il reçu un coup de téléphone de James Parker, lui parlant de la station de défense. Le scientifique accepta la mission et commença les travaux, mais la mort de James survint avant la fin, il fût donc obligé de reprendre les reines avec Eric Morton, un scientifique qu'il avait rencontré sur la station et pour il a beaucoup d'estime.
Il fit nommer la station James Parker Spaceport en hommage à son défun ami.
Puis quand le Service de Défense Terrien fût formé par Eric Morton, ce dernier recommanda tout naturellement John pour la direction des SDT du monde.
John fût donc à 58 ans, responsable au nom des Nations Unies du Service de Défense de la Terre qui gère les antennes du SDT dans chaque pays du monde.
Lors de la rencontre des Hanulans et des Gnitars, John fût tué en essayant de donner l'alerte.